Wchodzące do pomieszczenia chłodne powietrze musi przedostać się przez odpowiednie filtry. Ich zadaniem jest usuwanie pyłów i wszelkich zanieczyszczeń. Filtry z czasem się naturalnie zapychają. Zmniejsza to efektywność urządzenia i podnosi zużycie energii.
Najprostsze czyszczenie urządzeń polega na przetarciu wlotu i wylotu powietrza za pomocą szmatek z lekkimi detergentami. Sposoby czyszczenia filtrów są zazwyczaj omawiane przez producenta w ulotkach dostarczonych z klimatyzatorami. Najczęściej proces czyszczenia filtrów należy powtarzać co około 2 tygodnie.