Z myślą o tych firmach opracowano program JPK Link, który umożliwia import danych z plików JPK pochodzących różnych systemów informatycznych oraz łączenie plików JPK w jedną całość. Ten program do JPK sprawdza czy pliki źródłowe mają prawidłową budowę, następnie przeprowadza łączenie JPK. Zintegrowany plik JPK podlega weryfikacji formalnej oraz jest elektronicznie podpisywany i wysyłany organom podatkowym.
Program JPK Link przeznaczony jest dla firm wielooddziałowych, biur rachunkowych i jednostek budżetowych.